Zdravstveni sektor BiH sastoji se od 280 javnih zdravstvenih ustanova, 63 doma zdravlja, 16 bolnica i 2 klinička centra tercijarnog stupnja. Ako se ovaj broj formiranih zdravstvenih institucija pomnoži s novčanim iznosom koji se izdvaja, dobije se iznos od 1,231 milijuna KM ili 6 posto bruto društvenog proizvoda za javno zdravstvo.
Kako se navodi u istraživanju agencije Global Market Solutions, u BiH najveća izdvajanja za javno zdravstvo su u Sarajevskoj i Tuzlanskoj županiji. Doprinosi za zdravstveno osiguranje čine 95 % svih prihoda u fondovima za zdravstveno osiguranje, što znači da građani vlastitim sredstvima, u vidu doprinosa na plaće, financiraju zdravstveni sektor. U isto vrijeme, prema nekim istraživanjima, 65 % svih troškova u okviru zdravstvenog sektora otpada na troškove administracije. U BiH i pored glomaznog zdravstvenog aparata nema dovoljno kadra u smislu adekvatnog broja zdravstvenih djelatnika u samim zdravstvenim ustanovama. Najveći problem je nedostatak liječnika specijalista. Osim problema čekanja na preglede, veliki broj žalbi vezan je uz odnos liječnika prema pacijentima, uz lošu i neprofesionalnu komunikaciju.
Još jedan od problema prilikom ostvarenja zdravstvene zaštite jeste obvezno zdravstveno osiguranje koje, prema procjenama, oko 600.000 osoba u BiH nema. Samim tim građani nemaju pristup ni javnim ustanovama čime im se onemogućuje adekvatna liječnička briga. Poseban problem zdravstvenog osiguranja je populacija Roma u BiH.
U izvješću o ostvarenom napretku u pristupu zdravstvenoj zaštiti u privatnom sektoru za osigurane osobe u BiH, Centar za humanu politiku došao je do podatka da 53 % građana u BiH koji imaju obvezno zdravstveno osiguranje koristi usluge zdravstvene zaštite u privatnim ustanovama koje plaćaju po punoj cijeni.
